Die Forschung im Bereich der Diskreten Methoden am Zuse-Institut ist in die folgenden Abteilungen untergliedert:

• Optimierung
• Wissenschaftliche Information

Diskrete Methoden kommen dabei insbesondere in der Abteilung Optimierung zum Einsatz. Vielfältige Teilgebiete und Methoden der Algorithmischen Diskreten Mathematik werden verwendet. Dabei spielen vor allem die Kombinatorische Optimierung mit (Ganzzahligen) Linearen Programmen sowie Methoden zum Design und zur Analyse von Algorithmen eine große Rolle.