Im Jahr 2016 stand dem ZIB ein Gesamtetat in Höhe von 18,5 Millionen Euro zur Verfügung. Der Hauptanteil (8,4 Millionen Euro) wurde von dem Land Berlin gestellt und beinhaltet Gelder für Investitionen im Haus und den Berliner Anteil am HLRN-Verbund. Einen fast ähnlich hohen Anteil (8 Millionen Euro) erhielt das ZIB zur Verwendung für Forschungsprojekte von Drittmittel-Gebern, darunter öffentlichen Einrichtungen wie DFG und BMBF, sowie von Industriepartnern. Der dritte Teil des Gesamtetats bestand aus der Finanzierung verschiedener im ZIB angesiedelter Bereiche wie BRAIN (Land Berlin), KOBV sowie den Anteilen anderer Bundesländer am HLRN.

 Das ZIB akquirierte auch im Jahr 2016 eine Vielzahl von Projekten. Im Vergleich mit dem Jahr 2015 nahm der Anteil der öffentlich geförderten Projekte um 4% ab (5,487 Millionen Euro), der Anteil der Industrieprojekte erhöhte sich um 18% (2,494 Millionen Euro).

 Mit genau 7,981 Mio. Euro konnte das ZIB die zur Verfügung gestellten Drittmittel auf einen neuen Höchststand bringen.