Modellierung, Parameteridentifizierung und Simulation sind wesentliche Schritte bei der Behandlung systembiologischer Fragestellungen. In den letzten Jahren haben sich einige Softwarepakete im universitären Gebrauch etabliert, darunter sowohl frei verfügbare als auch kommerzielle. Viele dieser Programme basieren jedoch auf ineffizienten, mitunter mathematisch nichtfundierten Algorithmen. Mit der am ZIB neu entwickelten Software BioPARKIN wollen wir dieser Situation entgegentreten und effiziente numerische Algorithmen in der Systembiologie etablieren.

Entstanden im Rahmen des Projekts POEM.

BioPARKIN ist Open-Source-Software und steht unter der LGPL.

Der Quellcode kann bei github heruntergeladen werden. Zur Zeit finden sich die Downloads des User-Manuals sowie der jeweils aktuellen BioPARKIN-Version als Exe-Datei für Windows ebenfalls bei github, im Downloads-Bereich.

T. Dierkes, M. Wade, U. Nowak, S. Röblitz: BioPARKIN: Biology-related Parameter Identification in Large Kinetic Networks, ZIB-report 11-15.