Konformationsdynamik für Proteinfaltung

Konformationen, Deskriptoren und statistische Gewichte

Beschreibung

Mithilfe von adaptiven Algorithmen und Fehlerschätzern werden Konformationen und statistische Gewichte bestimmt. Da die Dimensionszahl und damit die Komplexität mit der Größe der Moleküle schnell ansteigt, erstreben wir mit Zerlegungsalgorithmen ( ZIBgridfree) eine effiziente Berechnung. Im Anschluss daran lassen sich mittels direkter Freie-Energie-Schätzer die statistischen Gewichte der Konformationen bestimmen.

Für die Kooperation mit unserem Projektpartner betrachten wir das Peptid Ac-Ala₁₅-LysH⁺. Durch verschiedene Simulationen sollen möglichst alle relevanten Konformationen gefunden werden, die anschließend gegeneinander gewichtet werden sollen. Eine der Herausforderungen besteht darin, zu entscheiden, ob ausreichend Daten für eine gute Statistik erhoben wurden.

Weitere Informationen finden Sie in der ausführlichen Projektbeschreibung.

Mitarbeiter

Marcus Weber

Konstantin Fackeldey

Martina Klimm

Verantwortlich

Marcus Weber

Finanzierung

durch Drittmittel