MolRate
Übergangsraten
Beschreibung
Das Verständnis von Übergangspfaden zwischen verschiedenen Konformationen eines Moleküls ist eine wichtige Angelegenheit im Computer-gestützten Wirkstoffentwurf. Als metastabile Konformation bezeichnet man dabei eine Menge von Geometrien, die ein Molekül über einen längeren Zeitraum beibehält. Die Hauptschwierigkeit besteht darin, dass die zu Grunde liegenden dynamischen Prozesse in hochdimensionalen Räumen stattfinden. Obwohl man durch die Einschränkung der Freiheitsgrade auf wenige Diederwinkel die Komplexität der Probleme bereits wesentlich reduzieren kann, sind viele Algorithmen sehr zeitaufwendig. Anstatt einzelne Übergangspfade zu untersuchen, z.B. solche über niedrigste Energiebarrieren, interessieren wir uns für die kanonische Gesamtheit von Übergangspfaden. Da die Molekulardynamik kein rein deterministischer Prozess ist, können im Prinzip alle möglichen Trajektorien auftreten, jedoch einige mit größerer Wahrscheinlichkeit als andere. Aus diesem Grund betrachten wir die zeitliche Entwicklung von Populationsdichten im Konformationsraum, um Übergangszustände zu identifizieren.
Weitere Informationen finden sich in der ausführlichen Projektbeschreibung.
Mitarbeiter
Verantwortlich
Dauer
01/2005 - 12/2006