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Die Abteilung Supercomputing beschafft und betreibt Hochleistungsrechner und berät Wissenschaftler fachspezifisch bei deren effizienter Nutzung.

Als leistungsfähigstes System betreibt die Abteilung einen Supercomputer der Firma SGI mit rund 13.000 Prozessorkernen und einer Spitzenleistung von ca. 147 TeraFlop/s. Der Supercomputer ist Teil des norddeutschen Hochleistungsrechners HLRN, dessen zweite Komponente im Regionalen Rechenzentrum für Niedersachsen in Hannover installiert ist. Im HLRN kann der Benutzer oder das System entscheiden, ob die Anwendung in Hannover oder Berlin gerechnet wird.

Fachberater mit den Schwerpunkten Physik und Materialwissenschaften, Chemie und Bioinformatik sowie Erdsystemforschung und Ingenieurwissenschaften betreuen Wissenschaftler aus Berlin sowie den am HLRN beteiligten norddeutschen Bundesländern bei der Planung und Durchführung von Projekten mit sehr großem Rechenzeit- und Speicherbedarf. Auch arbeiten die Fachberater aktiv in Projekten mit.

Für verteilte Anwendungen im Grid-Computing betreibt die Abteilung einen Linux-Cluster mit 80 Rechnern, die über Infiniband und Ethernet verbunden sind. Dies sind zusammen 480 Kerne. Der Cluster steht insbesondere Anwendungen des D-Grid-Verbunds zur Verfügung.

In der Abteilung sind auch die Geschäftsstelle und das Netzwerk-Management des Berliner Wissenschaftsnetzes BRAIN angesiedelt. Das BRAIN-Netz verbindet auf 2.000 km landeseigenen Glasfasern mehr als 140 Standorte von über 40 wissenschaftlichen und kulturellen Berliner Einrichtungen.