MolAnalysis
Analyse und Visualisierung molekularer Strukturen
Die Analyse molekularer Strukturen spielt eine bedeutende Rolle in der Biochemie und Pharmazie. Hierzu wurden eine Reihe von Visualisierungstechniken entwickelt, wobei die Darstellung molekularer Oberflächen besonders hilfreich ist. Weiterhin ist die Berechnung von Molekülpfaden ein wichtiger Forschungsbereich. Diese Pfade beschreiben beispielsweise Wege eines Wirkstoffes zur Bindungstasche eines Proteins oder Wege eines Ions durch ein Molekül. Aktuelle Molekülsimulationen sind allerdings nicht in der Lage, diese Pfade physikalisch korrekt zu ermitteln. In diesem Projekt beschleunigen wir sowohl die Berechnung als auch die Darstellung molekularer Oberflächen. Des Weiteren berechnen wir zunächst geometrisch korrekte Molekülpfade für Kugeln basierend auf den van-der-Waals-Radien der Atome. Mit Hilfe speziell dafür entwickelter Visualisierungstechniken wird eine schnelle interaktive Analyse der molekularen Struktur ermöglicht. Darüber hinaus können die Pfade auch zur Steuerung von Molekül-Docking-Simulationen verwendet werden. Weitere Informationen finden sich in der ausführlichen Projektbeschreibung.
Mitarbeiter
Verantwortlich
Partner
Freie Universität Berlin, Theoretische Molekulare Biophysik, AG Bondar (Ana-Nicoleta Bondar)
Finanzierung
ZIB
Dauer
06/2009 -
Publikationen
- N. Lindow, D. Baum, A.-N. Bondar, H.-C. Hege Exploration of cavity dynamics in biomolecular systems BMC Bioinformatics (accepted for publication on Jan. 2013).
- N. Lindow, D. Baum, A.-N. Bondar, H.-C. Hege Dynamic Channels in Biomolecular Systems: Path Analysis and Visualization Proceedings of IEEE Symposium on Biological Data Visualization (biovis'12), pp. 99-106, 2012.
- N. Lindow, D. Baum, H.-C. Hege Voronoi-based Molecular Path Detection and Visualization IEEE Trans. Vis. Comput. Graph., Vol.17, pp. 2025-2034, 2011.
- N. Lindow, D. Baum, S. Prohaska, H.-C. Hege Accelerated Visualization of Dynamic Molecular Surfaces Comput. Graph. Forum, Vol. 29, pp. 943-952, 2010.