Studentische Hllfskraft für die Abteilung Numerische Analysis und Modellierung

Kennziffer: SH 06/12

Das Konrad-Zuse-Zentrum für Informationstechnik Berlin (ZIB) ist eine Forschungseinrichtung des Landes Berlin. Im Bereich Numerische Mathematik, Abteilung Numerische Analysis und Modellierung, suchen wir baldmöglichst befristet für zunächst achtzehn Monate

eine Studentische Hilfskraft
Kennziffer: SH 06/12

Sie haben mindestens 4 Fachsemester Bioinformatik, Informatik, Mathematik oder eine verwandte Naturwissenschaft erfolgreich absolviert. Sie programmieren gerne, haben gute Kenntnisse in Softwareentwicklung und interessieren sich für systembiologische Fragestellungen.

Aufgabengebiet:
Modelle in der Systembiologie lassen sich in der Regel als Netzwerke darstellen. Solche Netzwerke bestehen unter anderem aus sogenannten Spezies (denen ein Startwert zugeordnet ist, z.B. die Blutkonzentration), Parametern (die ebenfalls einen numerischen Wert haben, z.B. Reaktionskonstanten) und Reaktionen (die Verbindungen zwischen den Spezies knüpfen). Wir haben am ZIB eine Desktop-Software entwickelt, die auf solchen Netzwerken Berechnungen ausführt, z.B. einfache Vorwärts-Integration, aber auch Sensitivitätsanalyse und Parameterschätzung basierend auf gemessenen Patientendaten. Diese Ergebnisse werden grafisch aufbereitet. Die Aufgabe besteht darin, Bugs zu fixen sowie neue Features zu planen und einzubauen. Eigene Ideen sind sehr willkommen.

Anforderungen:
Die grafische Oberfläche ist mit Python und Qt umgesetzt. Erfahrungen im Umgang mit der PySide-Bibliothek sind von Vorteil. Die Software läuft unter Windows und Linux. Es kann also mit dem Betriebssystem der Wahl gearbeitet werden. Ein eigener Mac vorausgesetzt, wäre auch OSX prinzipiell machbar. Wichtiger als diese rein technischen Aspekte ist ein Verständnis von Design- und Architektur-Patterns wie Model-View-Controller, Loose Coupling und ähnlichen Paradigmen, die man bei der GUI-Entwicklung einsetzt bzw. anstrebt. Die Softwareentwicklung erfolgt in enger Zusammenarbeit mit einem Kollegen, der an dem numerisch-algorithmischen Kern der Software arbeitet. Dieser ist in C++ geschrieben und wird mittels SWIG in Python zur Verfügung gestellt. Die Software ist Open-Source und über github verfügbar:

https://github.com/CSB-at-ZIB/BioPARKIN

Die Möglichkeit der Einarbeitung wird gegeben. Die Beschäftigung erfolgt auf der Grundlage des Tarifvertrages für studentische Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter mit 60 Stunden/Monat und ist auf 18 Monate befristet (mit Verlängerungsmöglichkeit). Die Kombination mit einer Master-, Studien- oder Diplomarbeit ist möglich.

Die Bewerbung von Frauen ist ausdrücklich erwünscht, da in den Naturwissenschaften Frauen unterrepräsentiert sind und das ZIB bemüht ist, den Anteil der Frauen in diesem Bereich zu erhöhen.

Schwerbehinderte werden bei gleicher Qualifikation bevorzugt.

Bitte richten Sie Ihre Bewerbung mit tabellarischem Lebenslauf, ggf. Bachelorzeugnis oder Notenübersicht, Immatrikulationsbescheinigung und den üblichen Unterlagen  bis zum 31.05.2012 unter Angabe der Kennziffer SH 06/12 an das

Konrad-Zuse-Zentrum für Informationstechnik Berlin (ZIB)
Verwaltung
Takustr. 7
14195 Berlin

Nähere Informationen zum Aufgabengebiet erhalten Sie bei Frau Röblitz <susanna.roeblitzzib.de> oder Herrn Hege <hegezib.de>.

Informationen zum ZIB sind unter  http://www.zib.de verfügbar.