Das Zuse-Institut Berlin gliedert sich in vier Bereiche, drei wissenschaftliche und den Bereich Verwaltung.

Jeder wissenschaftliche Bereich gliedert sich in Abteilungen, die weiter in Forschungsgruppen (dunkelblaue Farbe) sowie Forschungsdienstleistungen (hellblau) unterteilt sind.

Der Präsident Prof. Christof Schütte vertritt das Zuse-Institut Berlin nach innen und außen; er wird durch den Vizepräsidenten Prof. Sebastian Pokutta vertreten.