Im Jahr 2022 betrugen die Gesamteinnahmen des ZIB 28,5 Millionen Euro. Der größte Teil davon wurde vom Land Berlin als Grundstock des ZIB (9,2 Mio. Euro) einschließlich der allgemeinen Investitionen zur Verfügung gestellt. Ergänzt wurde der Grundstock durch das Budget des NHR-Zentrums am ZIB (7,8 Mio. im Jahr 2022, zur Verfügung gestellt durch das Land Berlin, aber kofinanziert durch den Bund und die am HLRN beteiligten Bundesländer) und durch Drittmittel (insgesamt 9,7 Mio. Euro), die das ZIB bei öffentlichen Förderern (vor allem DFG und BMBF) und über industrielle Forschungsprojekte einwarb. Hinzu kommen verschiedene weitere Zuwendungen, wie z.B. das Forschungsservicebudget des KOBV, die sich insgesamt auf knapp 1,7 Millionen Euro summieren.