Die Gesamteinnahmen des ZIB beliefen sich im Jahr 2019 auf 25,1 Millionen EUR. Den größten Teil davon stellte das Land Berlin als Grundfinanzbestand des ZIB (10,3 Mio. EUR) einschließlich Investitionen und Berlins Anteil am Haushalt des HLRN am ZIB zur Verfügung. Der zweitgrößte Teil des Budgets resultiert aus Drittmitteln (8,6 Mio. Euro), die das ZIB bei öffentlichen Fördereinrichtungen (vor allem DFG und BMBF) und über Forschungsprojekte mit der Industrie einwarb. Hinzu kamen verschiedene weitere Fördermittel, wie der von anderen Bundesländern zur Verfügung gestellte HLRN-Haushalt oder der Forschungsdienstleistungshaushalt des KOBV mit insgesamt fast 6,2 Millionen EUR. 

Das Zuse-Institut Berlin (ZIB) finanziert seine wissenschaftliche Arbeit aus drei Hauptquellen: dem Grundfinanzbestand des Landes Berlin und Drittmitteln von öffentlichen Trägern und solchen aus Verträgen mit Industriepartnern.  

Im Jahr 2019 hat das ZIB Drittmittel aus zahlreichen Projekten eingeworben. Die projektbezogenen öffentlichen Drittmittel sanken von 6,425 Millionen EUR im Jahr 2018 auf 6,137 Millionen EUR im Jahr 2019, während die industriellen Drittmittelprojekte von 1,707 Millionen EUR auf 2,450 Millionen EUR stiegen. Mit insgesamt 8,587 Millionen EUR an Drittmitteln wurde erneut ein Rekord in der Geschichte des ZIB erzielt - ein Anstieg zum achten Mal in Folge.