Im Jahr 2021 betrugen die Gesamteinnahmen des ZIB 24,4 Millionen Euro. Der größte Teil davon wurde vom Land Berlin als Grundfinanzbestand des ZIB zur Verfügung gestellt (14,4 Millionen Euro), einschließlich der Investitionen sowie des Budgets des NHR-Zentrums am ZIB (4,7 Millionen im Jahr 2021, zur Verfügung gestellt vom Land Berlin, aber kofinanziert durch den Bund und die am HLRN beteiligten Bundesländer). 

Der zweitgrößte Teil des Budgets resultiert aus Drittmitteln (8,1 Millionen Euro), die das ZIB bei öffentlichen Förderern (vor allem DFG und BMBF) und über industrielle Forschungsprojekte einwirbt. Hinzu kamen verschiedene weitere Zuwendungen, wie z.B. das Forschungsservicebudget des KOBV, die sich insgesamt auf knapp 1,7 Millionen Euro summierten.