Das ZIB bietet die Möglichkeit des Promotionsstudiums in Angewandter Mathematik, Praktischer Informatik und dem dazugehörigen multidisziplinären Spektrum. 

Als Doktorandin bzw. Dokorand am ZIB arbeiten Sie zusammen mit kompetenten Teams und anerkannten Experten in den jeweiligen Feldern an anspruchsvollen Problemen in einem internationalen Forschungsumfeld. Das ZIB kann auf zahlreiche Forschungspreise zurückblicken, die an junge Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des ZIB verliehen wurden (über 20 Dissertationspreise in den letzten 10 Jahren). Ein Promotionsstudium am ZIB funktioniert auf mehrerlei Weise: Als Mitarbeiterin bzw. Mitarbeiter des ZIB und Teammitglied in einem mit Drittmitteln geförderten Forschungsprojekt, oder als Mitglied einer Graduate School oder Research Training Group mit Forschungstätigkeit im Rahmen der Doktorarbeit am ZIB.

Die leitenden Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler am ZIB haben Professuren an den Berliner Universitäten (FU, HU und TU) inne, mit denen Forschungskooperationen bestehen.  Im Moment studieren am ZIB mehr als 25 Masterstudierende und über 70 Doktorandinnen und Doktoranden, von denen fast 30 über Stipendien von Graduate Schools oder Research Training Groups verfügen, wie z.B. die Graduate Schools im Rahmen der Deutschen Exzellenzinitiative, die School of Analytical Sciences Adlershof (SALSA) und die Berlin-Brandenburg School for Regenerative Therapies (BSRT) oder auch die Berlin-Brandenburgische Forschungsplattform BB3R, die  Graduate Training Centers der SFBs 760, 765, 1026, 1114, oder die International Max-Planck Research School (IMPRS) Computational Biology and Scientific Computing.