Das ZIB bietet als außeruniversitäre Forschungseinrichtung des Landes Berlin finanzielle Unterstützung für die Promotionsvorhaben junger Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler am ZIB in enger Zusammenarbeit mit Berliner Universitäten aus eingeworbenen Drittmitteln für Promotionsstudierende. Stipendien stehen zur Verfügung im Rahmen des Konrad-Zuse-Stipendiums, des Siemens-ZIB-Stipendiums oder über die Aufnahme in eine Graduate School oder Research Training Group in Berlin (siehe "Doktoranden“).